Puutarhaliiton jäsenenä on noin 40 paikallista puutarhayhdistystä. Vanhimmat niistä ovat yli satavuotiaita, nuorimmat äskettäin perustettuja.

Paikallisyhdistysten toiminta vaihtelee yhdistyksittäin. Lähes kaikki ovat avoimia puutarhaharrastajille, vaikka useiden yhdistysten luottamustehtävissä onkin puutarha-ammattilaisia. Osa yhdistyksistä on puhtaasti harrastajille suunnattuja.